當使用拉卡拉POS機進行刷卡交易時，手續費的計算是基于交易金額和POS機費率來確定的。在這個問題中，交易金額是1000元，POS機費率是0.6%。

手續費的計算公式是：手續費 = 交易金額 × 費率。

將給定的數值代入公式中，我們得到：手續費 = 1000元 × 0.6%。

這里的0.6%需要轉換為小數形式進行計算，即0.006。所以，手續費 = 1000 × 0.006。

通過計算，我們得到手續費為6元。這意味著當刷卡交易金額為1000元時，需要支付6元作為手續費給拉卡拉POS機服務商。

需要注意的是，不同的POS機服務商可能會有不同的費率標準，因此手續費的計算方式可能會有所不同。此外，有些POS機服務商可能會根據交易類型、商戶類型等因素對手續費進行差異化定價。

在實際使用中，建議商戶在辦理POS機之前與服務商確認費率標準，并了解清楚手續費的計算方式和可能的差異。這有助于商戶更好地掌握交易成本和利潤情況，做出更明智的決策。

綜上所述，當使用拉卡拉POS機刷卡1000元時，手續費為6元，這是基于0.6%的費率計算得出的。商戶在使用POS機時應當注意費率標準和手續費的計算方式，以便合理控制交易成本。