網上支付跨行清算系統是央行支付系統的重要應用系統，主要支持網上跨行零售支付業務的處理，業務指令逐筆發送、批量軋差、定時清算。

網上支付跨行清算系統主要處理網銀貸記業務、網銀借記業務、第三方貸記業務、跨行信息查詢業務。網上支付跨行清算系統投入使用后，實現了網銀跨行支付的直通式處理，滿足網銀用戶全天候的支付需求，有效支持電子商務的發展。該系統向客戶提供7×24小時全天候服務。
 

網上支付跨行清算系統具有以下業務功能：處理網銀貸記業務，網銀借記業務，第三方貸記業務，跨行賬戶信息查詢業務。

其業務運行模式與小額支付系統相似：運行時序為7×24小時連續運行，采取定場次清算的模式，設置貸記業務金額上限，與大額支付系統共享同一個清算賬戶等等。

從業務管理方面來講，網上支付跨行清算系統是小額支付系統在網上支付方面的延伸，從系統管理方面來講，網上支付跨行清算系統是與大、小額支付系統并行的人民幣跨行清算系統。

網上支付跨行清算系統為經央行批準獲得支付業務許可證的非金融支付服務組織提供接入渠道，支持非金融支付服務組織通過靈活多樣的方式為社會提供支付服務，能夠更好地滿足公眾居家支付需求，也有利于電子商務的發展。

據了解，目前，包括支付寶這樣的非金融支付機構的運行模式為，依托在多家合作銀行分別開立結算賬戶，代不同銀行的客戶完成跨行支付，經營成本較高，客戶范圍也受到限制。而當該類支付服務組織也被納入系統之后，客戶只需在任一家銀行開立賬戶并開通網銀支付功能，即可通過非金融支付服務組織發起支付業務。 　　

據悉，央行曾于今年6月發布《非金融機構支付服務管理辦法》，指出支付機構依法接受央行的監督管理。市場分析人士認為，這等于認可了非金融支付機構的行業地位。 　　

央行表示，由于第三方機構的客戶可以是各商行的網銀用戶，如仍通過現有方式向付款人收費，則第三方機構應在所有銀行開設賬戶，操作成本很高；如由第三方機構直接向付款人收取，處理手續復雜，客戶體驗也比較差。為支持第三方機構的業務發展，網上支付跨行清算系統應支持第三方機構向付款人收取手續費的功能，并可根據管理需要向指定的參與者開啟。

目前，網上銀行已成為各家商業銀行提供金融服務的重要平臺，客戶可以方便地進行轉賬匯款、網絡購物、網上繳費、投資理財等多種支付活動。但是，現有的網上跨行支付屬于銀行間（或銀行與非銀行清算組織間）的協議行為，當收付款人不在同一家銀行開戶時，支付指令的跨行清算通過多個系統間傳輸或轉換，有些處理環節還需商業銀行業務人員手工干預，業務處理時間較長，客戶也不能及時了解支付業務的處理結果。

為提高網上支付的跨行清算效率，提升商業銀行網銀服務水平，更好地履行中央銀行的支付清算職責，人民銀行決定建設網上支付跨行清算系統。 網上支付跨行清算系統是人民銀行繼大、小額支付系統后建設的又一人民幣跨行支付系統。系統將主要處理客戶通過在線方式提交的零售業務，包括支付業務和跨行賬戶信息查詢業務等。